Las complejas desigualdades tienen origen colonial, en el rapto de las nativas y la servidumbre de los guaraní y afroamericanos. La colonia instauró estamentos de “sangre” (encomenderos, criollos, indios siervos, mulatos y esclavos) con distintos deberes y derechos, que podían o no acceder a oficios públicos, eran castigados con diverso rigor, etc.
E instaló nuevas desigualdades de género: sobre las indígenas recayó todo el trabajo agrícola y el tejido del algodón, comercializado por los encomenderos. Este doble sometimiento –reproductora y sierva– legó complejas brechas de género, étnicas, de estatus social y de servidumbre económica en las mujeres paraguayas.
El sistema tributario colonial incluía la alcabala, el almojarifazgo, los derechos de tránsito de productos, las sisas y arbitrios para la defensa, de papel sellado, la media anata sobre cargos públicos, el diezmo religioso, los estancos de yerba y tabaco, y tributos anuales de indios de pueblos y los esclavos, colectados por misioneros a cargo de pueblos o reducciones, o por los encomenderos.